法律分析：
需要分情况看待，可以进行抵扣：
1、住宿费为员工出差，开票方为小规模纳税人，其专用抵扣率为3%；
2、住宿费为员工出差，开票方为一般纳税人，其专用抵扣率为6%；
不得进行抵扣：
1、住宿费为公司接待客户，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣；
2、住宿费为公司组织员工旅游，开票方不论纳税人规模，即便认证相符也不得进行抵扣。
法律依据：
《国家税务总局关于管理等有关事项的公告》 五、小规模纳税人（其他个人除外）发生应税行为，需要开具专用的，可以自愿使用管理系统自行开具。选择自行开具专用的小规模纳税人，税务机关不再为其代开专用。
小规模纳税人应当就开具专用的销售额计算应纳税额，并在规定的纳税申报期内向主管税务机关申报缴纳。在填写纳税申报表时，应当将当期开具专用的销售额，按照3%和5%的征收率，分别填写在《纳税申报表》（小规模纳税人适用）第2栏和第5栏“税务机关代开的专用不含税销售额”的“本期数”相应栏次中。
