恶意透支罪立案标准为在五万元。持卡人以非法占有为目的，超过规定限额或者规定期限透支，并且经发卡银行两次催收后超过三个月仍不归还的，构成信用卡诈骗罪，应当承担刑事责任。
根据最高人民、关于印发相关法律通知的规定。
进行信用卡诈骗活动，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
1、使用伪造的信用卡、以虚假的身份证明骗领的信用卡、作废的信用卡或者冒用他人信用卡，进行诈骗活动，数额在五千元以上的；
2、恶意透支，数额在五万元以上的。
有下列情形之一，进行信用卡诈骗活动，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产：
1、使用伪造的信用卡，或者使用以虚假的身份证明骗领的信用卡的；
2、使用作废的信用卡的；
3、冒用他人信用卡的；
4、恶意透支的。
法律依据：《中华人民共和国刑法》第二百六十六条
【诈骗罪】诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。本法另有规定的，依照规定。
第一百七十七条
【伪造、变造金融票证罪】有下列情形之一，伪造、变造金融票证的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产：
（一）伪造、变造汇票、本票、支票的；
（二）伪造、变造委托收款凭证、汇款凭证、银行存单等其他银行结算凭证的；
（三）伪造、变造信用证或者附随的单据、文件的；
（四）伪造信用卡的。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。
