1、位置不同：鼓楼校区是南大的历史校区，位于南京市中心，在南京市鼓楼区汉口路22号；仙林校区是南大的主校区，位于南京市东郊，在南京市栖霞区仙林大道163号；浦口校区是南大最新的校区，位于南京市北部，在南京市浦口区学府路8号。
2、设立学科不同：鼓楼校区是南大重要的人文学科和社科研究基地，包括文学、历史、哲学、法学、政治学等专业；仙林校区是南大的工科、理科和医学院校区；浦口校区主要是南大的生命科学和海洋科学院校区。
3、南京大学是一所历史悠久、声誉卓著的高等学府，其前身是创建于1902年的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学，1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出工学、农学、师范等部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学，校址从四牌楼迁至鼓楼金大原址。
