去除水中的水霉菌，最好的方法就是换水、下盐和升温，并加强鱼缸的过滤。如果由鱼感染上水霉病，最好是先用老三样治疗，在病情严重时，还能下点土霉素进行治疗。水中的水霉菌太严重，还能下入专治水霉的药物，或将水全部换掉。
要保持水质良好。首先检查是不是水质出现了问题，发现水里有水霉之后，要立刻给鱼儿换水，如果还不是很放心，换了新水之后，每天都可以更换三分之一的水。
使用高锰酸钾。发现鱼缸有水霉之后，在鱼缸里直接洒入一些高锰酸钾，注意加入的量要少，鱼缸稍微粉红色就要停止。
加入少量的海盐。换完水之后可以在鱼缸里加入少许的海盐，千万不要使用食用盐，食用盐中的碘会直接伤害鱼儿，影响鱼儿的正常活动。
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