2、找到质谱图中对应的峰或信号，注意其所对应的分子量，和其相对强度或丰度。
3、将质谱图上的分子量与氨基酸序列进行比对，确定对应的氨基酸残基。一般而言，质谱图上的峰或信号所对应的分子量减去前一个峰或信号所对应的分子量，通常会得到一个新的分子量值，该值即为两个氨基酸之间的肽键质量差。
4、重复上述步骤，直到整个质谱图上的氨基酸序列均被确定出来。
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